O MapBiomas produz mapas de uso e cobertura da terra identificando fragmentos maiores que meio hectare (até seis vezes menores que do Atlas), também por meio de imagens de satélite Landsat e independente do seu estado de conservação. Por meio de classificação automática, observa ainda a dinâmica de florestas jovens, não registradas pelo Atlas. Isto é, mede a regeneração ou o surgimento de novos fragmentos, assim como o corte deste tipo de vegetação. O
MapBiomas Alerta utiliza alertas de desmatamento gerados pelo Global Forest Watch e pelo Atlas da SOS Mata Atlântica e INPE para validar, refinar e qualificar desmatamentos maiores que 0,3 hectares, com o uso de imagens Planet de alta resolução (4 x 4 metros).
A área observada de cada inciativa também é diferente. O Atlas monitora a área de aplicação da Lei de Mata Atlântica, utilizando o mapa do IBGE refinado para escala 1:1.000.000. O MapBiomas utiliza o mapa de biomas gerais do Brasil, produzido pelo IBGE na escala 1:250.000. Esse mapa considera como bioma apenas áreas contínuas e os encraves florestais de Mata Atlântica do Nordeste estão incluídos nos biomas Cerrado e Caatinga. Portanto, o Atlas abrange uma área maior que o MapBiomas até o momento.
Uma outra diferença é o período de observação, uma vez que o Atlas analisa o período de 12 meses, de outubro de um ano até setembro do ano seguinte, enquanto o MapBiomas Alerta analisa os 12 meses de um mesmo ano. Além da diferença de tamanho e conservação dos fragmentos observados e do período de observação, a última observação relevante é que, em 2020, o MapBiomas Alerta usou pela primeira vez os dados do Atlas dos Remanescentes Florestais como fonte de alerta. Isto explica parte do aumento de 2020 em relação a 2019.
De todo modo, o MapBiomas Alerta deve estabelecer uma linha de base consistente para a análise temporal do desmatamento da Mata Atlântica daqui para a frente.
Compreendidas as especificidades do Atlas e do MapBiomas, estas devem se complementar no monitoramento da Mata Atlântica e orientar cada vez mais na gestão e políticas para o fim do seu desmatamento e em prol da sua restauração.